尼尔基水利枢纽工程筹建和建设期间，实行主管部长、省长、自治区主席联席会议制度，发挥政府职能，协调解决工程筹建和建设中的重大问题。联席会议由水利部召集，松辽委为联席会议办事机构。按照水利工程建设管理体制改革的要求, 根据尼尔基水利枢纽在嫩江及松花江流域防洪减灾和水资源开发中的重要作用，和该工程跨省、区建设的特点，经水利部批准，松辽委和两省（自治区）联合组建嫩江尼尔基水利水电有限责任公司 (正厅级单位)，作为项目法人，负责该工程建设和建成后的运行管理。公司设立董事会、监事会、总经理及三总师、中层管理部门。董事会对水利部、黑龙江省、内蒙古自治区政府负责，决定公司的重大事项；监事会对公司国有资产保值增值状况实施监督。公司董事长、副董事长、监事会主席由水利部党组全面管理；董事长由松辽委出任，副董事长分别由两省（自治区）发改委出任；董事长为公司法定代表人。公司总经理、副总经理、三总师、党委班子成员由水利部党组委托松辽委党组管理；总经理负责公司日常生产经营和管理。工程建设期间，公司设立办公室、工程技术处、计划合同处、基建财务处、环境移民处、机电处、物资管理处7个部门；随着工程即将进入运行管理期，又增设了党委办公室、人事处、安全保卫处3个部门。公司在黑龙江省齐齐哈尔市登记注册。

截止目前，已召开了尼尔基水利枢纽工程筹建领导小组第一次会议；尼尔基水利枢纽工程部长、省长、自治区主席第一次联席会议；尼尔基水利枢纽工程建设领导小组第一次会议；董事会第一届第一～五次、第二届第一次会议。审议签订了《水利部、黑龙江省、内蒙古自治区联合建设尼尔基水利枢纽工程协议书》、《尼尔基水利枢纽工程资本金出资协议书》等重要文件；审议通过了《尼尔基水利枢纽工程移民安置包干协议》、《尼尔基水利枢纽工程分标方案和招标计划》、2001～2006年工程建设计划和投资计划，及公司组建方案、公司章程、董事会议事规则、监事会议事规则等重要文件及事项。