2008年9月11～12日，水利部、环境保护部《太湖管理条例》（以下简称《条例》）联合起草第二次工作会议在北京召开。

会议听取了两部自8月5日第一次会议以来《条例》制订工作开展情况介绍；对《条例》涉及的有关管理体制与管理机制、规划与总体方案、水功能区划、水域限制排污总量意见与水污染物排放总量控制指标、入河排污口与污染源管理、饮用水水源保护区管理、水污染事件应急管理、水资源与水环境监测、政府目标责任制与考核、监督检查等方面问题进行了充分讨论，并对相关条文进行了修改。会议还就召开联合起草第三次工作会议对《条例》相关条文进行修改完善，提出《条例》征求意见稿；将征求意见稿发送两省一市人民政府和国务院有关部门征求意见；赴太湖开展立法调研并召开联合起草第四次工作会议等下一步工作事项作了安排。

水利部政法司司长赵伟主持会议，环境保护部法规司副司长别涛，太湖局副局长叶寿仁，太湖局副局长兼水资源保护局局长朱威，以及联合起草小组其他成员参加会议。