机关内设机构：
　　1.办公室
　　2.规划计划处
　　3.水政水资源处（水政监察总队）
　　4.财务经济处
　　5.人事劳动教育处
　　6.建设与管理处（水利部水利工程建设质量与安全监督总站松辽流域分站）
　　7.水土保持处
　　8.防汛抗旱办公室
　　9.国际河流管理处 
       10.监察处、审计处（合署办公）
　　11.离退休职工管理处
　　12.直属机关党委、中国农林水利工会松辽委员会（合署办公）

单列机构：
　　松辽流域水资源保护局

       事业单位:
　　1.察尔森水库管理局
　　2.水文局（信息中心）
　　3.流域规划与政策研究中心
　　4.移民开发中心
　　5.松辽流域水土保持监测中心站
       6.水利工程建设管理站 　　
       7.综合服务中心